بالاترین مرجع سياست گزاری موسسه حکیم جرجانی هیأت امنای آن میباشد. این هیأت حداقل هر فصل یکبار تشکیل جلسه میدهد و در خصوص مسائل مختلف موسسه فعالیت میکند از جمله تصویب بودجه سالیانه موسسه، تصویب رشته های تحصیلی، جذب هیأت علمی، تعیین ریسس موسسه، تصویب برنامه های توسعه موسسه، حسابرسی ، بررسی حسابرسی موسسه، بررسی و پیشنهاد میزان شهریه دانشجویی، تصویب ظرقیت پذیرش دانشجو، تصویب اخذ تهسیلات بانکی و غیره ...
ترکیب اعضای هیأت امنای موسسه آموزش عالی حکیم جرجانی :
دکتر علی اکبر آقایی (عضو هیأت امنا)
دکتر علیرضا شاکری (عضو هیات امنا)
حجت الاسلام و المسلمین عبدالله شاهینی (عضو روحانی)
دکتر اسماعیل تاجیک ( عضو هیأت امنا)
دکتر نور محمد تربتی نژاد ( عضو هیأت امنا)
دکتر تقی طبرسا ( عضو هیأت امنا)
دکتر مهدی سقایی (رييس مؤسسه و دبیر هیأت امنا)
دکتر یداله هزار جریبی عضو هیأت امنا
دكتر حسام عضو هيات امنا
آقاي علوي عضو هيات امنا
